Os fungos possuem também uma extraordinária produção de enzimas digestivas e isto os transforma em um dos principais agentes decompositores de matéria orgânica na natureza. Portanto, os fungos, assim como as bactérias, são fundamentais na reciclagem dos nutrientes. -- Filo Chytridiomycota O fóssil mais antigo de fungo conhecido até à data é uma forma do tipo pertencente a este filo. Fósseis mais antigos do Pré-Câmbrico são, actualmente, considerados cápsulas vazias de cianobactérias ou então não são suficientemente claro para serem colocados em qualquer dos filos reconhecidos.  Surpreendentemente, os fósseis melhor conservados de fungos deste filo são encontrados em estratos do Devónico, juntamente com os restantes grupos principais de fungos actuais. Os fósseis do Devónico indicam que estes fungos já seriam bastante diversificados. Os quitrídios não são os primeiros fungos apenas pela idade dos seus fósseis. Estudos sobre as relações filogenéticas entre eles e outros fungos indicam que terão características próximas dos ancestrais de todos os fungos modernos. Os quitrídios são predominante aquáticos, o que indica que este reino terá tido a sua origem na água, tal como as plantas e os animais. Têm gâmetas flagelados, o que mais nenhum fungo apresenta, sugerindo que terão perdido esta característica ao longo da sua história evolutiva. Tal como os restantes filos de fungos, os quitrídios têm parede celular de quitina mas há um pequeno grupo (Hyphochytrios) com parede celulósica, uma característica única entre os fungos vivos. Há uma variabilidade considerável na morfologia e ecologia dos quitrídios. Podem ser de água doce ou marinhos, parasitas de plantas e insectos dípteros ou saprófitos. Alguns são unicelulares, alguns são cenocíticos micelianos. Poucos fungos deste filo têm impacto sobre o Homem, com excepção para alguns que parasitam algas, causam doenças em batata (Synchytrium endoboticum) e os utilizados em investigação científica (género Allomyces).  -- Os cursos de água doce são frequentemente contaminados com metais pesados, no entanto um grupo particular de fungos os hifomicetos aquáticos têm sido descritos como tendo um papel promissor dado que toleram e acumulam elevadas concentrações de metais tornando-se potenciais candidatos para futuro uso em bioremediação. Os hifomicetos aquáticos são um grupo ecológico de fungos filogeneticamente heterogéneo, possuem adaptações morfológicas e fisiológicas que lhes possibilitam a colonização e decomposição da folhada, são comuns em águas limpas e arejadas, têm a capacidade de se manterem activos a temperaturas baixas, são capazes de produzir enzimas extracelulares que provocam a maceração das folhas e estabelecem um importante elo trófico entre partículas grosseiras de matéria orgânica e os macroinvertebrados. -- As algas são os maiores produtores dos ecossistemas aquáticos e responsáveis pela maior parte do oxigênio liberado para a atmosfera. Os fungos, em sua maioria, atuam como decompositores. Outros fungos são parasitas animais e plantas. --